Договор поставки

Добрый день.
Наше предприятие является производителем и продавцом. При продаже заключается договор поставки с приложениями к нему (протокол согласования цен, спецификация и счет). В ходе выполнения обязательств по договору возникает потребность внесения изменений как в спецификацию так и в условия поставки, оплаты и т.д. При изменениях в спецификациях в само доп. согл. запись делается следующим образом "В связи с изменениями предоставленными <покупателем> приложения №1 и №2 и счет №1 к договору № 111111 от 222222. считать утратившими силу и заменить на приложения №1 и №2, счет №1 к настоящему дополнительному соглашению", а в пункт касающийся оплаты вносятся новые уточненые суммы. Возможны также изменения только каких-то условий поставки, оплаты, либо просто источника финансирования. При этом составляется только доп. согл. без приложений к нему.
Правомерно ли такое составление доп. согл.
При выписке ТТН в графе "основание отпуска" записывается "счет №1 к дог. № 111111 от 222222".
После подписания доп. согл. какой документ продолжает действовать (основной договор либо уже доп. согл.) и какая запись должна быть сделана в "основание отпуска" ТТН.